As Pró-reitorias do IFTO, dirigidas por Pró-reitores nomeados pelo Reitor, são órgãos executivos que planejam, superintendem, coordenam, fomentam e acompanham as atividades referentes às seguintes dimensões:

A Pró-reitoria de Administração, dirigida por um Pró-reitor nomeado pelo Reitor, é o órgão executivo a que compete planejar, superintender, coordenar, fomentar e acompanhar as atividades e políticas de administração, gestão estratégica, orçamento, finanças e patrimônio do IFTO.

A Pró-reitoria de Assuntos Estudantis, dirigida por um Pró-reitor nomeado pelo Reitor, é o órgão executivo a que compete planejar, discutir, fomentar, implementar, acompanhar, avaliar e executar a política de assuntos estudantis do IFTO, além de articular e promover ações que garantam a inclusão e a democratização de procedimentos por meio da participação dos estudantes.

A Pró-reitoria de Ensino, dirigida por um Pró-reitor nomeado pelo Reitor, é órgão executivo a que compete planejar, desenvolver, controlar e avaliar a execução das políticas de ensino homologadas pelo Conselho Superior e, a partir de orientações do reitor e em consonância com as diretrizes emanadas do Ministério da Educação, promover ações que garantam a articulação entre o ensino, a pesquisa e a extensão em todos os campi do IFTO.

A Pró-reitoria de Extensão, dirigida por um Pró-reitor nomeado pelo Reitor, é o órgão executivo a que compete planejar, desenvolver, coordenar, fomentar, acompanhar e avaliar a execução das políticas de extensão e relações com a sociedade e promover ações que garantam a articulação entre a extensão, a pesquisa e o ensino em todos os campi do IFTO.

A Pró-reitoria de Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação, dirigida por um Pró-reitor nomeado pelo Reitor, é o órgão executivo a que compete planejar, superintender, coordenar, fomentar e acompanhar as atividades e políticas de pesquisa, inovação e pós-graduação, integradas ao ensino e à extensão, bem como promove ações de intercâmbio com instituições e empresas na área de fomento à pesquisa, ciência, tecnologia e inovação tecnológica.