Conselho Superior, de caráter consultivo e deliberativo, é um órgão superior da Administração do IFTO, responsável pelas decisões referentes à execução da política geral, regulamentado pela lei vigente e em conformidade com o estabelecido pelo Estatuto e Regimento Geral do Instituto Federal do Tocantins.

O Conselho Superior é composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do Colégio de Dirigentes do Instituto Federal do Tocantins, assegurando a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica.